이전 영화에서 스파이더맨(피터 파커)은 인기 많은 히어로(사실은 빌런) 미스테리오를 죽인 살인자라는 누명을 쓰게 된다.

피터는 닥터 스트레인지에게 도움을 요청, 닥스는 모든 사람이 스파이더맨은 피터 파커다 라는 사실을 잊게 하는 주문을 시전한다. 하지만 피터는 메이 숙모는 주문 대상에서 제외해달라, 자기 친구들은 제외해달라 라는 등 계속해서 이런저런 요구를 하다 결국 닥스의 집중력이 흐트러져 주문이 폭발, 다른 평행 우주에 있는 빌런들이 넘어오게 된다.

닥스와 피터는 이 빌런들을 모두 잡아들이지만 이들 모두 각 우주의 스파이더맨과 싸우다 죽게 된다는걸 알게 되자 피터는 동정심을 느낀다. 피터의 이들을 치료하여 돌려보내자, 닥스의 그건 각자 우주에서 알아서 할 일이다 라는 의견이 충돌하여 피터와 닥스는 서로 싸우게 되고, 피터는 닥스를 다른 차원에 묶어두는데 성공한다.

피터는 이들을 도우려 하지만 빌런은 빌런, 이들은 피터의 통수를 치고 도망가게 되며, 그 와중에 메이 숙모가 죽게 된다. 자신의 잘못이라 자책하며 자취를 감춘 피터를 찾던 mj와 네드는 현재 세계의 피터(톰)이 아닌 평행 세계에서 넘어온 피터 두명을 찾게 된다.(토비와 앤드류) 이 둘의 도움으로 톰을 찾아내고, 자신과 동일한 고민을 했었고 고통을 겪어본 피터들의 조언을 듣고 톰은 정신을 차리게 된다.

결국 3스파는 연합하여 빌런들과 싸우게 되고 닥스는 갖혀있던 차원에서 탈출에 성공, 이들을 각자 우주로 돌려보낼 주문을 시전하지만 그린 고블린의 방해로 인해 또 다시 주문이 폭발한다. 이에 어마어마한 수의 빌런들이 톰의 세계로 넘어오기 시작하고 닥스는 이게 모두 첫번째 주문이 실패하여 빌런들이 스파이더맨은 피터파커다 라는 사실을 기억하기 때문이라고 한다. 그 말을 들은 톰은 이번엔 완벽하게 모든 존재의 기억에서 그 사실을 지워달라고 하고 닥스는 성공적으로 주문을 시전, 각 평행우주의 존재들은 자신들의 우주로 돌아가고 톰은 모든 사람의 기억 속에서 사라지게 된다.

이후에 톰은 MIT에 합격한 mj와 네드의 모습을 보며 조용히 기뻐하고, 첫번째 스파이더맨(토비)가 살던 허름하고 좁은 아파트에 들어가 모두의 기억 속에 잊혀진 채로 살게 된다.