JR 동일본
야마노테 선
주오 본선
야마노테 화물선 사이쿄 선 쇼난 신주쿠 라인
공항연락특급 "나리타 익스프레스
도부 닛코 선

주오 쾌속 전철
주오·소부 완행 열차
고후역, 마쓰모토역 방면 특급

JY 야마노테 선: 시부야역 · 시나가와역 방면(내선순환) - 당역 - 이케부쿠로역 · 우에노역 방면(외선순환)의 전차선을 주행하는 순환 노선 - 역 번호 「JY 17」

JA 사이쿄 선: 야마노테 화물선 주행. 오미야 방면(북행)의 가와고에 선과 오사키역 방면(남행)의 린카이 선과의 상호 직통 운전도 실시 - 역 번호 「JA 11」

JS 쇼난 신주쿠 라인: 야마노테 화물선을 주행하는 중거리 노선. 당역을 통해 오미야 방면(북행)의 우쓰노미야 선, 다카사키 선과 요코하마역 방면(남행)의 도카이도 선, 요코스카 선과의 상호 직통 운전 실시. - 역 번호 「JS 20」

JC 주오 선 (쾌속) : 급행선을 주행하는 주오 본선의 중거리 노선. 하치오지역, 다카오카 역 방면 열차와 다치카와역에서 오메 선으로 직통하는 열차도 운행 - 역 번호 「JC 05」

JB 주오·소부 선 (완행) : 완행선을 주행하는 주오 본선의 근거리 노선. - 역 번호 「JB 10」

게.이오 전철
게.이오 선
도에이 지하철 신주쿠 선
게.이오 신선
신주쿠 역, 신센신주쿠 역

오다큐 전철
오다와라 선

사가미오노 역에서 에노시마 선에 직통하는 열차
신유리가오카 역에서 다마 선에 직통

도쿄 지하철(도쿄 메트로) · 도쿄 도 교통국(도에이 지하철)

M 도쿄 지하철 마루노우치 선 - 역 번호 「M 08」

S 도에이 지하철 신주쿠 선 - 역 번호 「S 01」

E 도에이 지하철 오에도 선 - 역 번호 「E 27」

세이부신주쿠 역(세이부신주쿠 선)

신주쿠니시구치 역(도에이 지하철 오에도 선)

신주쿠 3초메 역(마루노우치 선, 후쿠토신 선, 도에이 신주쿠 선)