극심한 편두통 및 심장 관련 질환 등 신속한 대처를 요하는 부작용이 발생키도 한다. 그러나 편두통이나 우울감, 식욕&성욕부진은 위약에서도 확인할 수 있는 대표적인 위 부작용들이고, 호르몬제를 맞았다는 인식이 위 부작용을 만들거나 일상적인 증상임에도 피임약의 결과로 오해하는 경우가 많다. 부정출혈은 저용량의 약제나 주로 약을 빼먹었을 때 많이 생기는 편이다. 색전증의 경우에는 어느 정도 인과관계 및 기전이 밝혀졌으나 경부암을 위시한 나머지 부작용들은 그 발생이 모호한 편이나 주의사항에는 삽입되어 있다. 또한 가슴이 여성호르몬인 에스트로젠과 프로게스테론이 함유돼 있기에, 일시적으로 가슴 사이즈가 커질 수 있지만, 복용을 중단하면 다시 원래 사이즈로 돌아온다.[8]

2, 3세대 피임약은 처방 없이 약국에서 구입이 가능하긴 하다. 하지만 높은 빈도로 여드름 및 다모증, 체중 증가 등 엽기적인 부작용이 발생하기도 한다. 예를 들면 체모(수염)가 자란다던가... 처방을 요하는 전문의약품인 4세대 피임약은 보통 체중 증가가 2-3세대에 비해 적고, 여드름 및 다모증이 발생하지 않는다고 알려져 있으나 혈전 관련 질환의 발병률이 2-3세대에 비해 높다. 심장 및 혈전 관련 질환을 보유하지 않은 20대에게 이러한 부작용이 발병하는 경우는 드물다. 관련 질환의 집안 내력이 있거나 이미 발병한 경우가 있는 사람들은 차라리 일찍이 위험성을 인지하고 복용하지 않겠지만, 자각가능한 증상이 나타나기 전까지 자신이 질환을 보유했는지 혹은 위험인자를 보유했는지 알아채지 못하는 경우도 많다. 따라서 비흡연자인 1-20대라 할지라도 피임약을 복용하기 전 평소 심장이나 혈전 관련 증세가 있었는지, 집안내력이 없는지 확인하여야 한다.