사고의 가장 큰 원인은 비행기의 착륙장치인 랜딩기어가 하강하지 않았다는 데 있다. 랜딩기어가 하강하지 않은 원인이 무엇인지는 아직은 확정적이지 않다. 다만 사고 직전 조류 충돌이 있었다는 사실이 영상과 함께 생존자의 증언으로 확인된 상태다. 구조된 제주항공 여객기 승무원은 “조류 충돌로 추정된다. 한쪽 엔진에서 연기가 난 후 폭발했다”는 목격담을 구조대에 남겼다. 해당 승무원은 목포지역 병원으로 이송됐다.

다만 조류 충돌이 랜딩기어가 내려가지 않은 원인이라고 단정짓기는 어렵다. 전문가들은 랜딩기어를 작동시키는 유압장치가 엔진정지로 작동을 멈췄을 가능성이 있다고 본다. 엔진에서 발생한 압력을 유압계로 보내 동력을 확보하기 때문에, 누유 등 상황이 발생하면 정상 작동이 어려울 수 있기 때문이다. 그러나 남은 엔진이 작동할 경우 유압장치는 정상작동이 가능하고, 최악의 경우 두 엔진이 모두 멈췄더라도 랜딩기어를 수동으로 하강 시키는 방법도 있다

현 단계에서 사고의 원인이 무엇이었는지를 추정하는 것을 자제 해야한다는 지적도 나온다. 미연방항공청 안전조사관 데이비드 소시는 BBC와의 인터뷰에서 “어떤 선언적인 발표도 해서는 안된다”고 말했고, 스캇해밀턴 항공산업 컨설턴트는 “현시점에서 이 사고의 원인을 알 수 있는 방법은 세상에 없다”고 했다. 현재 시점에서의 모든 추정과 추단은 향후 조사에 영향을 미칠 수 있다는 점을 지적한 것으로 해석된다.

구체적인 사고원인 조사는 이제 시작단계다. 사고 원인을 알려줄 주요 단서로 지목되는 ‘블랙박스 해독 작업’엔 한 달 이상이 걸릴 전망이다. 항공철도사고조사위원회(항철위) 등에 따르면 제주항공 7C2216 여객기의 비행자료기록장치(FDR)는 외형이 일부 손상된 채 수거됐다. 항철위 관계자는 “조종실음성기록장치(CVR)는 외형 그대로 수거됐는데 FDR은 일부 분리가 됐다”면서 “FDR 해독은 시간이 오래 걸릴 것 같다. 한 달은 걸리지 않을까 싶다”고 말했다.

조사에는 미국 국가교통안전위원회(NTSB)가 참여할 것으로 보인다. 참사기종인 보잉 737 800 제조사와 연방항공청(FAA)도 함께올 것으로 알려졌다. 비행자료기록장치(FDR)의 외형 손상이 심각할 경우 NTSB에 분석을 의뢰할 가능성도 있다.