일본프로야구 신인 드래프트 방식은 정말 독특한데,
전세계 어떤 종목에서도 보기힘든 방식인 1라운드 지명권 추첨제가 바로 그것이다. 한국프로야구의 경우에는 1라운드는 지역별 우선지명권이 존재하며, 메이저리그는 전시즌 성적 역순으로 지명하는데 일본 프로야구는 그런거 없이 추첨운 하나에 드래프트 지명의 승패가 갈린다.

12개 프로구단은 신인드래프트에 참가한 모든 참가자중, 지역, 전시즌 성적 그딴거 무시하고 아무나 1명을 선택하게 된다. 이때 지명팀이 점찍은 선수에 다른 팀이 지명하지 않았을 경우에는 해당 구단이 단독 지명권을 가지게 되며, 2팀 이상이 1명의 선수를 지목했다면 이때부터 운에 맡기는 추첨식을 시작한다. 지명한 팀들끼리 나와서 제비뽑기를 하며, 이중 당첨된 구단이 해당 선수에 대한 지명권을 가지게 된다. 이후 추첨에서 탈락한 구단들은 다른 선수를 지명할 수가 있는데 이때 또다시 2팀이상 지명한 선수가 등장하면 또다시 지명한 팀들끼리 조추첨을 하게 된다. 이런 시스템 덕분에 매년 신인드래프트는 상당히 관심을 불러일으키게 된다. 특히 여러구단이 노릴만한 특출난 신인이 나오는 해는 그 선수의 운명이 어떻게 결정될지에 관심을 가지는 팬들이 많고 최고의 신인을 우승팀이라고 무조건 하위팀에게 양보하는 것이 아니라 운만 좋으면 노려볼 수 있는 강렬한 도박성과 내심 원하던 팀이 아닌 엉뚱한 팀이 교섭권을 가져가는 경우 뭐라 표현하기 힘든 오묘한 표정을 짓는 선수의 모습, 그리고 그 선수가 자신의 진로에 대해 어떻게 결정을 내릴지 등등 화제성이 풍부하기 때문에 시청률이 본업인 야구경기보다 더 많이 나오는 경우도 있다.

다만 이러한 방식은 모든 팀이 1라운드 지명을 마칠때까지만 적용되며 2라운드부터는 메이저리그나 한국프로야구와 마찬가지로 성적별 역순을 진행하게 된다. 

12구단 합쳐서 지명자가 120명이 안 될 시, 드래프트로 육성선수를 뽑을 수 있다. 2017년 드래프트에는 9라운드에서 요코하마가 야마모토 유다이를 지명한 것이 마지막이었기 때문에 육성선수 드래프트가 진행되었는데, 이 해의 육성선수 드래프트에서 요미우리가 8라운드(!)까지 지명하면서 최고로 많이 지명했고, 닛폰햄과 야쿠르트는 한 명도 뽑지 않았다. 여담으로 소프트뱅크는 드래프트 5라운드까지만 지명하고 패스했는데 육성선수 드래프트에서는 6라운드까지 지명하며 육성선수를 더 많이 뽑았다. 육성선수 드래프트까지 포함한 최후의 지명자는 요미우리 자이언츠 육성선수 8라운드 지명자 아라이 소타.