부산대학교 토목공학과 박상길 교수는 "해운대 해수욕장 해안선은 전국에서도 보기 드문 깨끗한 반달모양"이라면서 "하지만 바다 안에 인공구조물을 설치하면 시간이 흐를수록 수중방파제 인근에는 모래가 퇴적되고, 해변 중심부는 침식이 가속화되면서 해안선이 들쭉날쭉 흉하게 변할 가능성이 높다"고 말했다.

실제로 일본의 경우 1980년대 인위적인 수중방파제를 앞다퉈 설치했다가 해안선 변형 등 부작용이 잇따르자 최근에는 오히려 구조물을 걷어내고, 인공 수중림을 조성하는 등 친환경적인 방법으로 모래 유실을 방지하고 있다.

요트 전문가들도 우려를 표명하고 나섰다.

최근 해운대에서는 국제적인 행사를 포함해 10개의 크고 작은 요트행사가 열리는데, 거의 모든 행사의 출발지인 동백섬 입구에 수중방파제가 설치되면 경기 운영에 차질이 생기기 때문이다.

부산시 요트협회 이재빈 이사는 "해운대 해수욕장 인근에 초고층 아파트가 들어서 바람이 불지 않아 각종 경기 진행에 애를 먹고 있는데, 여기에다 각종 요트 경기의 진.출입로인 동백섬, 미포 입구에 수중방파제가 설치되면 경기 운영에 차질이 빚어질 수밖에 없다"면서 "출발지를 외항으로 바꾸면 해변에서 시민들이 참관할 수 없어 그야말로 \'그들만의 축제\'가 될 것이고 이는 부산시의 해양스포츠 산업의 활성화 방안에도 배치되는 일이어서 대책이 필요하다"고 말했다.

또, 수중방파제가 수면에서 1m 아래 위치해 여름철 제트스키 등 수상스포츠의 안전사고 위험까지 제기되고 있어, 수중방파제를 둘러싼 논란은 여전히 현재 진행형이다.