이후 많은 명성을 쌓은 길가메시에게 구혼했으나 모욕적인 언사[4]와 함께 퇴짜맞은 이슈타르 여신은 그녀의 아버지인 아누 신에게 부탁해[5] 하늘의 황소 구갈안나를 풀어 지상을 황폐화시킨다.

이에 참다못한 길가메시는 황소와 싸우기로 하고, 엔키두 역시 길가메쉬와 함께 싸웠다. 결국 황소와의 싸움에서 승리가 확실해질 즈음 길가메시가 암만 그래도 신인데[6] 죽이면 후환이 따르지 않을까 염려하자 엔키두 曰 "지금 니 백성들이 고통 받으며 죽어나가니까 그런 건 나중에 생각하고 얼른 잡자!"라고 해서 결국 황소를 잡았다.[7] 그걸 본 이슈타르는 기가 막혀 하고, 엔키두는 자신의 친구에게 손 끝 하나 대지 못할 것이라며 황소의 넓적다리를 잘라 이슈타르에게 던지며 그녀를 모욕한다.

결국 제대로 화가 난 이슈타르에 의해 하늘에서는 황소의 죽음 때문에 신의 동물을 죽였다는 죄목 하에 회의가 일어난다. 길가메시는 신의 피가 섞인지라 죽일 수 없었고, 훔바바 건이나 하늘의 소 건 등은 모두 행한 것은 길가메시이지만 거의 엔키두가 교사하다시피 했기 때문에 신들이 심판[8]을 할 때에 길가메시보다 엔키두를 더 나쁜 죄질로 보았다. 결국 그들의 창조물인 엔키두가 죽는 걸로 결정되며, 엔키두는 병에 걸려 12일 만에 죽게 된다. 이때 길가메시의 품에 안겨서 죽었다고 하며 이후 시체에서 벌레가 나올 때까지 그 시체를 길가메시가 안고 있었다고 한다.

엔키두는 죽기 전에 자신을 인간으로 만든 샴하트에게 저주를 내뱉었다. 그 말을 들은 태양신 우투(샤마쉬)가 샴하트가 아니면 네가 길가메시랑 친구가 되어 여태까지 영화를 누릴 수 있었겠느냐?하며 꾸짖자 그제서야 저주를 취소하고 축복을 내리고서 숨을 거둔다.